Lieber Sebastian! On Sat, 2023-08-12 (w32) 11:18:18 (+0200), Sebastian Bachmann via Debienna wrote:

Da gibts doch sicher was in emacs *sncr*

;)

Am 11.08.2023 um 12:29 schrieb Al T via Debienna:

...

[...] - Papers: [xapers](https://finestructure.net/xapers/)   - alternative tool could be [papis](https://github.com/papis/papis) (if it gets included into Debian) [...]

[...] Im Endeffekt braucht es ja nur ein bib(la)tex tool, was eine Suche hat.

[...]papis und xaper schauen interessant aus, aber verwenden nicht bibtex als backend [...]

Also xapers hat zwar eine xapian-Datenbank zur direkten Arbeit, verwendet aber bibtex als storage-backend. Die verwendeten Dateien schauen wie folgt aus: --- @article{downes_diagnostic_2019, author = "Downes, Kate and Megy, Karyn and Duarte, Daniel and Vries, Minka and Gebhart, Johanna and Hofer, Stefanie and Shamardina, Olga and Deevi, Sri V V and Stephens, Jonathan and Mapeta, Rutendo and Tuna, Salih and Al Hasso, Namir and Besser, Martin W. and Cooper, Nichola and Daugherty, Louise and Gleadall, Nick and Greene, Daniel and Haimel, Matthias and Martin, Howard and Papadia, Sofia and Revel-Vilk, Shoshana and Sivapalaratnam, Suthesh and Symington, Emily and Thomas, Will and Thys, Chantal and Tolios, Alexander and Penkett, Christopher J. and Ouwehand, Willem H. and Abbs, Stephen and Laffan, Michael A. and Turro, Ernest and Simeoni, Ilenia and Mumford, Andrew D. and Henskens, Yvonne M. C. and Pabinger, Ingrid and Gomez, Keith and Freson, Kathleen", title = "Diagnostic high-throughput sequencing of 2,396 patients with bleeding, thrombotic and platelet disorders", issn = "0006-4971, 1528-0020", url = "http://www.bloodjournal.org/lookup/doi/10.1182/blood.2018891192", doi = "10.1182/blood.2018891192", abstract = "A targeted high-throughput sequencing (HTS) panel test for clinical diagnostics requires careful consideration of the inclusion of appropriate diagnostic-grade genes, the ability to detect multiple types of genomic variation with high levels of analytic sensitivity and reproducibility, and variant interpretation by a multi-disciplinary team (MDT) in the context of the clinical phenotype. We have sequenced 2,396 index patients using the ThromboGenomics HTS panel test of diagnostic-grade genes known to harbour variants associated with rare bleeding, thrombotic or platelet disorders (BTPD). The molecular diagnostic rate was determined by the clinical phenotype, with an overall rate of 49.2\\% for all thrombotic, coagulation, platelet count and function disorder patients and a rate of 3.2\\% for patients with unexplained bleeding disorders characterized by normal hemostasis test results. The MDT classified 745 unique variants, including copy number and intronic variants, as Pathogenic, Likely Pathogenic or Variants of Uncertain Significance. Half (50.9\\%) of these variants are novel and 41 unique variants were identified in 7 genes recently found to be implicated in BTPD. Inspection of canonical hemostasis pathways identified 29 patients with evidence of oligogenic inheritance. A molecular diagnosis has been reported for 894 index patients providing evidence that introducing an HTS genetic test is a valuable addition to laboratory diagnostics in patients with a high likelihood of having an inherited BTPD.", language = "en", urldate = "2019-06-14", journal = "Blood", month = "May", year = "2019", keywords = "Platelets, Genetics, Transfusion", pages = "blood.2018891192", file = "Downes-2019-Blood-Diagnostic\_high-throughput\_sequencing\_of\_2,396\_patients\_with\_bleeding,.pdf:/path/to/storage/SOMEID/Downes-2019-Blood-Diagnostic\_high-throughput\_sequencing\_of\_2,396\_patients\_with\_bleeding,.pdf:application/pdf" } --- Zusätzlich gibt es noch extra Dateien, in denen die tags gespeichert werden. Damit ist es (wenn ich es richtig verstehe) so, dass die Datenbank nicht wirklich gesichert werden muss, sondern on the fly erzeugt werden kann (so interpretiere ich zumindest die Option `xapers restore`). papis habe ich selber nicht ausprobiert, es verwendet aber .yaml im backend. Das finde ich zwar auch nicht so sexy wie bibtex, aber es ist zumindest eine reine Text-Datei (das ist mir wichtig) und es gibt einen bibtex-export.

Vor einiger Zeit hab ich angefangen Notizen mit Logseq zu machen - allerdings ist die Integration von JabRef in Logseq noch nicht so toll... Evt gibt es ja auch ein Tool welches beides verbindet (mir scheint aber es gibt da nur orgmode was das kann).

Logseq kannte ich noch nicht, aber falls Du https://github.com/logseq/logseq meinst: klingt cool, aber vor Clojure/Typescript/JavaScript/Swift habe ich etwas Angst ;) Ich verwende [vim.wiki](https://github.com/lervag/wiki.vim), das ist zwar wesentlich limitierter, reicht für meine Zwecke aber völlig. Liebe Grüße, Alex -- *Al T* <al.t@disroot.org> GPG: E1F0 908F 0365 2215 189D 2319 F0AF 5A02 49EB DEF5

Lieber Sebastian! On Sat, 2023-08-12 (w32) 14:07:24 (+0200), Sebastian Bachmann wrote:

Ich hatte über xapers und papis nur drüber geflogen und die Datenbank gesehen - umso cooler wenn sie eh mehr oder weniger direkt im bibtex arbeiten!

Habe das übrigens gerade ausprobiert: ja, das funktioniert. Einfach das Verzeichnis `~/.xapers/docs/.xapers` löschen und dann `xapers restore` verwenden, um die Datenbank wiederherzustellen (Achtung: dauert!). Daher mein Plan: - git-repo erstellen - git add **/*.bib sowie **/tags - git commit -m 'bla' - dann git-annex init - anschließend git annex add **/*.pdf - dann profit. Die Umbenennung der pdf-Dateinamen funktioniert mit xapian aber nicht, falls man also die Dateinamen in einem speziellen Format haben will (was bei mir der Fall ist), dann muss man das mit etwas anderem machen (dafür habe ich aber noch keine Lösung - außer halt Zotero -> export bibtex und file -> import via xapers-adder). Liebe Grüße, Alex -- *Al T* <al.t@disroot.org> GPG: E1F0 908F 0365 2215 189D 2319 F0AF 5A02 49EB DEF5

Hi! Cool! Danke für den Bericht! Für Medien kannst du mit exiftool oder exiv2 auch Dateien aus den EXIF Daten heraus umbenennen. Ich habe (bevor darktable den Copy&Import eingebaut hat) auch per exiftool die Daten in den richtigen Ordner (yyyy/yyyy-mm-dd/image.cr2) verschoben. LG Sebastian Am 12.08.2023 um 18:34 schrieb Al T via Debienna:

Lieber Sebastian, liebe Liste!

On Sat, 2023-08-12 (w32) 15:02:56 (+0200), Al T via Debienna wrote:

...

[...] Die Umbenennung der pdf-Dateinamen funktioniert mit xapian aber nicht, falls man also die Dateinamen in einem speziellen Format haben will (was bei mir der Fall ist), dann muss man das mit etwas anderem machen (dafür habe ich aber noch keine Lösung - außer halt Zotero -> export bibtex und file -> import via xapers-adder).

Oho, da gibt aber ein anderes Tool, das ich gerade gefunden habe: [pdf-renamer](https://github.com/MicheleCotrufo/pdf-renamer) kann Dateien umbenennen.  Einfach z.B. den folgenden Befehl auf seinen Ordner mit papers anwenden:

    pdfrenamer -f "{Aetal}-{YYYY}-{Jabbr}-{T}" -case 'snake' -sd .

und schon hat man schön(er) benannte Papers, die man dann in xapers einlesen kann.  Ebenso habe ich den [scientific-paper-pdf-rename](https://github.com/heversonbr/scientific-paper-pdf-rename) gefunden, aber keine Ahnung, ob das auch vernünftig funktioniert.

Also falls jemand so etwas ähnliches für Filme, Bücher und Bilder kennt, bin ich ganz Ohr!

Liebe Grüße,

Alex